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中国科学家发布表观基因组数据库MethBank 3.0发布时间:2017-12-07 14:06:50 | 来源:北京基因组所2017-12-07
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中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0,并将其成果以MethBank 3.0:a database of DNA methylomes across a variety of species为题,在线发表在Nucleic Acids Research上。 Methbank 3.0整合了大量DNA甲基化数据。作为表观修饰的重要组成部分,DNA甲基化在人类疾病与衰老、动物胚胎发育以及植物生长发育过程都起重要作用。MethBank 3.0提供了4577个健康人外周血样本的450K芯片数据,并编审成34个不同年龄组的参比甲基化组(consensus reference methylomes,CRMs);提供不同年龄组健康人基因组胞嘧啶位点甲基化水平的分布范围,整合5个重要经济作物(水稻、大豆、木薯、菜豆和番茄)不同发育阶段多个组织的336个单碱基精度甲基化组(single-base resolution methylomes,STMs)和两个模式动物(斑马鱼和小鼠)的配子与早期胚胎发育的18个单碱基精度甲基化组。相比于之前版本,MethBank 3.0有更加详细、系统的注释与分析,识别了692个年龄相关甲基化位点、2371个与年龄无关的位点、304886个差异甲基化启动子(DMPs)、53680个年龄特异的甲基化位点(age-specific DMCs)、1716个年龄特异的甲基化区域(age-specific DMRs)以及693825个甲基化的CpG岛。此外,Methbank 3.0提供两个分析工具(Age Predictor和IDMP)分别用于预测人的甲基化年龄和识别差异甲基化启动子。 Methbank 3.0配备友好的浏览、查询与可视化功能,用户可通过基因ID/ymbol、基因组位置等检索甲基化信息,浏览指定物种差异甲基化启动子或高甲基化CpG岛,通过ftp下载所有相关注释数据与分析结果。 研究工作得到了中科院战略性先导科技专项、中科院国际合作计划、国家科技攻关计划、国家高技术研究发展计划(863计划)、中科院百人计划等的资助。
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